Nuori poika elää äitinsä kanssa syrjäisellä maatilalla metsän keskellä. Väkivaltainen isä on suljettu vankilaan, jossa poika aika ajoin vierailee. Elämä on yksinkertaista, kunnes eräänä sateisena iltana kotitilalle saapuu muukalainen - luoti kyljessään ja mukanaan viesti pojan isältä. Vastahakoisesti äiti ja poika antavat tuntemattomalle turvapaikan.

Jukka-Pekka Valkeapään ensimmäinen pitkä elokuva Muukalainen on arvoituksellinen ja voimakas tarina petoksesta, rakkaudesta ja uskollisuudesta.